สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครนายก เลขที่ 182/89ถนนสุวรณศร ตำบลท่าช้าง อำเภอเมืองนครนายก มีอาคารปฏิบัติงาน 2อาคาร อาคารที่ 1 ตั้งอยู่ภายในบริเวณศาลากลางจังหวัดนครนายกสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครนายก มีกลุ่มงานทั้งหมด 10 กลุ่ม กลุ่มที่ปฏิบัติงานที่อาคาร 1 มีจำนวน 9 กลุ่ม ประกอบด้วย
                       1.กลุ่มอำนวยการ
                       2.กลุ่มนโยบายและแผน
                       3.กลุ่มบริหารงานบุคคล
                       4.กลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษา
                       5.กลุ่มบริหารงานการเงินและสินทรัพย์
                       6.หน่วยตรวจสอบภายใน
                       7.กลุ่มส่งเสริมการศึกษาทางไกลแทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
                       8.กลุ่มพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษา
                       9.กลุ่มกฏหมายและคดี
                        สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครนายก อาคาร 2 เป็นอาคารที่ปฏิบัติงานอยู่ภายในบริเวณ โรงเรียนอนุบาลเมืองนครนายก ถนนนครนายก -รังสิต ตำบลท่าช้าง อำเภอเมืองนครนายก จังหวัดนครนายก มีกลุ่มปฏิบัติงาน 1 กลุ่มประกอบด้วย กลุ่มนิเทศ ติดตามและประเมินผลการจัดการศึกษา สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครนายก มีภารกิจการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน ประกอบด้วย การจัดการศึกษาระดับก่อนประถมศึกษาการจัดการศึกษาระดับประถมศึกษาและการจัดการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนต้น